在计划经济包括改革开放后相当一段时期，我国农业发展实际上是以政府为主体的。改革前是政府包揽一切，农民没有生产经营自主权；改革初由于计划经济的巨大惯性和干部能力素质等多种原因，很多地方也没将经营自主权真正交给农民，经常包办代替。到了新世纪特别是进入经济新常态，有的地方又过快地把农民推向市场，让其作为生产经营主体完全承担市场风险与自然风险，并不利于现代农业发展和农民增收。
无论是从发达国家农业现代化实现的方式，还是从我国过去农村改革的经验教训来看，无需置疑，政府的作用不可替代，但仅有政府的主导作用又是不够的，必须同时发挥好农民的积极性和市场引导作用。农业供给侧结构性改革是一个长期过程，也是牵动“三农”全局的系统工程，不仅涉及思想观念的转变和政策措施的创新，也涉及农业发展方式的转变；不仅涉及生产布局、产业结构的调整，也涉及社会利益关系的调整。推进农业供给侧结构性改革关键处理好政府和市场关系、协调好各方面利益，最核心是政府主导与农民主体的关系。由于政府和农民在农业农村发展中所扮演角色不同，必须要调整政府与农民的关系和各自行为方式。当前政府与农民关系正在进入一个新的发展阶段，一种不同于以往的新型关系正在形成，这种新型政府与农民关系，既肯定政府的主导地位，又强调农民的主体作用，更重视政府主导地位与农民主体作用相结合，实现互利共赢。
政府与农民的相互关系中，政府处于主导和强势地位，调整政府与农民关系的关键变量就是政府自己。以政府为主导，就是对农民由直接干预管理变为通过政策市场引导和提供服务。一是政策上主导。制定土地流转、金融信贷、农业补贴、保险保障和农民创业扶持等一系列政策，支持、引导农村经济发展。二是组织上主导。找准适合地方经济发展的产业，科学进行规划，同时加强保护，维护主体竞争秩序的公正性，使农业发展有一个宽松的社会环境。三是服务上主导。强化信息服务、产品销售、技术指导和金融保险等农业服务；建立风险保障体系，增强农民、农业适应市场和抵御风险的能力。四是投入上主导。当前要补齐农业农村发展短板，加强对交通、水利和农田基本建设的投入，同时还要鼓励社会资本投资运营农业，实行政府主导下的投资主体多元化。
以农民为主体，就是充分尊重农民的意愿和经营自主权，调动农民积极性。农民主体作用也体现在四个方面：一是建设主体，二是经营管理主体，三是利益主体，四是合作主体。尊重农民主体地位，其本质是为了保障农民利益，今年中央一号文件提出“农民主体论”，明确以农民为主体，以农民福祉为一切工作的落脚点。以农民为主体，就要求政府有所为、有所不为。今后政府应在主体作用有限的地方积极介入，凡是在主体能有效发挥作用的地方，政府应尽可能地少介入或不介入；以农民为主体还要加强对农民宣传教育和培训，大力提高农民的综合素质，积极培育新型农业经营主体，包括农村新型职业农民，也包括返乡下乡的农民工、大学生、科技人员和退伍军人，还包括种养大户、家庭农场、农业产业化龙头企业和农民专业合作社，为实现农业农村发展和供给侧结构性改革提供有效可靠的承接载体。
