2016年，种植业、畜牧业、渔业领域结构调整有序推进，生产向能力更强、结构更优、效率更高迈进。
玉米种植面积调减2039万亩，超额完成年度计划。2016年玉米播种面积5.51亿亩，比上年调减2039万亩，同比减少3.6%，高于计划调减1000万亩的目标，为近13年来首次减少，产量同比减少2.3%，其中东北四省区调减占70%以上，库存压力得到明显缓解。玉米价格逐步回归市场，产业链被重新激活，国际竞争力得到提升，全年玉米及其替代品进口量同比减少45%以上。玉米作为联结农业与工业、种植业与养殖业的节点，产业链条长、影响面大，玉米活则产业全盘活。与此同时，稻谷、小麦口粮产量为3.36亿吨，同比基本持平，守住了“口粮绝对安全”底线；大豆面积增加1046万亩，同比增长10.7%；棉油糖、果菜茶等重要农产品生产稳定、供应充裕。
南方水网地区生猪调减1600万头，产业布局进一步优化。南方水网地区10省（市）近3/4生猪主产县完成禁养区划定调整，共调减生猪存栏1600万头，该退的地方退了下来，超载的地方果断减了下来，生态环境得到有效改善。同时，倒逼生猪养殖加快转型升级，规模养殖水平实现新提高。南方水网地区主产县生猪年出栏500头以上的规模养殖比重达到64.3%，比2015年提高6个百分点，高出全国平均水平15个百分点；规模养殖场粪便处理利用设施配套比例、粪便综合利用率分别达到60%和62%，比全国平均水平高10个和2个百分点。
水产健康养殖示范面积达到51%，比重过半。全年新创建渔业健康养殖示范县12个、水产健康养殖示范场731个，稻渔综合种养面积发展到2250万亩，全国水产健康养殖示范面积比重达到51%，这表明渔业生产布局更优了、捕捞强度下降了、品质质量提升了，渔业减量增收、资源养护开始破题。据统计，2016年水产产量达6900万吨，同比增长3%，增速回落0.7个百分点；湖北等养殖密度大的省份产量增速回落，青海省等环境容量大的省份产量增速保持在10%以上；优质助推优价，水产全年平均价格达到23.05元/公斤，同比增长5.3%。
